Cy3耦聯(lián)基團激發(fā)光的最大波長為550nm,最強發(fā)射光為570nm。因為激發(fā)光和發(fā)射光波長很接近TRITC,在熒光顯微鏡中，可使用和TRITC--樣的濾波片。Cy3在氬光燈(514nm或528nm)下可以被激發(fā)出50％的光強，在氦氖燈(543nm)或者汞燈(546nm)下則約75％。Cy3可以和熒光素一起作雙標。Cy3還可以和Cy5-起在共聚焦顯微鏡實驗中作多標記。

Cy5耦聯(lián)基團的激發(fā)波長最大650nm,發(fā)光波長最大670nm。在氪氬燈(647nm)下它們可被激發(fā)出98％的熒光，在氦氖燈下(633nm)為63％。Cy5可以和很多其他的熒光基團一起用在多標記的實驗中。由于它的最大發(fā)射波長在670nm, Cy5很難用裸眼觀察，而且不能用汞燈作理想的激發(fā)。通常觀察Cy5時采用具有合適激發(fā)光和遠紅外檢測器的共聚焦顯微鏡。在水相封片劑中應當加入抗淬滅劑。使用傳統(tǒng)的表面熒光顯微鏡時，不推薦使用Cy5。