常用于免疫熒光組織化學染色的熒光素有:異硫氰酸熒光素(fluorescein isothiocyanat, FITC)、 四甲基異硫氰酸羅丹明(tetramethy1 rhodamine isothioeyanat, TRITC)、 四乙基羅丹明(tetraethy1 rhodamine B20,RB200)、得克薩斯紅(Texas red)、 藻紅蛋白(phycoerythrin, PE)、 花青類(cyanine,如Cy3、Cy5)等。此外還有一些新型熒光染料，如量子點。

（1）異硫氰酸熒光素(FITC): FITC性質(zhì)穩(wěn)定，易溶于水和乙醇，能與蛋白質(zhì)結合，是檢測組織細胞內(nèi)蛋白質(zhì)最常用的熒光探針。它還能標記抗體，可用F免疫組織化學單染或多重染色。缺點是在光照下易淬滅，易受白發(fā)熒光影響。最大激發(fā)光波長為490m:最大發(fā)射光波長為525nm,呈現(xiàn)黃綠色熒光。

（2）花青類染料:常用的有Cy3、Cy5 等，能與細胞內(nèi)蛋白質(zhì)結合。這類染料的熒光特性與傳統(tǒng)熒光素類似，但水溶性和對光穩(wěn)定性較強，熒光量子產(chǎn)率較高，對pH等環(huán)境不敏感。常用于多重染色。Cy3 最大激發(fā)光波長為570nm，最大發(fā)射光波長為650nm，呈綠色熒光。但是，在綠光光譜波長激發(fā)下，Cy3也可出現(xiàn)紅色熒光。Cy5 的最大激發(fā)光波長為649nm,最大發(fā)射光波長為680nm,呈紅色熒光。由于Cy5的最大發(fā)射波長為680nm,很難用裸眼觀察，而且不能使用高壓汞燈作為理想的激發(fā)光源，因此，使用普通熒光顯微鏡時，不推薦使用Cy5。通常觀察Cy5時需使用激光掃描共聚焦顯微鏡。